Mihael Martin Kofler studirao je na muzičkim akademijama u Beču i Bazelu, kod profesora Volfganga Šulca, Vernera Tripa i Peter-Lukasa Grafa. Tokom studija, aktivno je pohađao majstorske kurseve kod Orela Nikolea i Andrea Žonea.

Na početku svoje karijere bio je prvi flautista Omladinskog orkestra Gustav Maler, a kasnije i Minhenske filharmonije kojom su dirigovali Džejms Livajn, Kristijan Tileman, Lorin Mazel i Valeri Gergijev.

Martin Kofler dobitnik je nagrada na međunarodnim takmičenjima u Pragu, Briselu, Bariju, Ilcenu i na takmičenju ARD u Minhenu, a dobitnik je i nagrade Austrijskog ministarstva nauke i umetnosti.

Od 1983. godine Kofler priređuje solističke koncerte, recitale i večeri kamerne muzike po Evropi i u Japanu. Kao redovan i rado viđen gost, Kofler je nastupao sa preko 90 renomiranih orkestara, među kojima su Akademija St. Martin in the Fields, simfonijskim orkestrima – Minhena, Štutgarta, Praga, Moskve, Salcburga, Linca, Ljubljane, Bratislave, Kalgarija, Tel Aviva, Haife, Meksika, Osake, Kjotoa, Zagreba, Varšave, Beograda, ali i sa kamernim orkestrima iz Minhena, Beča, Štutgarta, sa Zagrebačkim solistima, kamernim orkestrom Amadeus, Tokijskim gradskim kamernim orkestrom, Amsterdamskom simfonijetom, Budimpeštanskim gudačkim solistima, Berlinskim baroknim orkestrom, Praškim virtuozima, Klasičnom poljskom filharmonijom, Austrijskim kamernim orkestrom, Virtemberškim kamernim orkestrom iz Hajlbrona i dr.

Kao solista sarađivao je sa dirigentima, među kojima su Džems Livajn, Lorin Mazel, Ser Nevil Mariner, Fabio Luisi, Dmitri Kitajenko, Herbert Blomštet, Ton Kopman, Bruno Vajl, Hans Graf, Milan Horvat, Hubert Sudan, Andrej Borejko, Džonatan Not, Kazuši Ono, Ginter Šiler, Pavel Kogan, i dr.

Kao kamerni muzičar, sarađivao je sa pijanistima Paulom Badurom-Škodom, Irvinom Gejdžom, Štefanom Vladarom, Štefanom Kiferom i Ikujom Nakamičom, sa gitaristom Konradom Ragosnihom, sa harfistima Reginom Kofler, Han An Liu, Sarom O’Brajen i Gzavijeom de Mestrom, zatim sa klarinetistom Martinom Špangerbergom, gudačima Benjaminom Štrajherom, Veronikom Hagen, Klemensom Hagenom, kao i sa kvartetima Manderling i Mocart.

Dobijao je i pozive da diriguje orkestrima, kao što su Kamerni orkestar jugozapadne Nemačke, Filharmonija iz Đera, orkestar Kapele iz Krakova itd.

Kofler je predavač na univerzitetu Mocarteum u Salcburgu, a paralelno priređuje majstorske radionice po Evropi, Koreji, Japanu i Kini. Žirirao je na značajnim takmičenjima, poput Međunarodnog takmičenja ARD u Minhenu, Međunarodnog flautističkog konkursa u Kobeu, zatim na takmičenjima u Pragu, Kremoni i drugim.